UNIVERSITÄT ZU KÖLN

Das kleinzellige Bronchialkarzinom (Small Cell Lung Cancer – SCLC), in Deutschland bis zu 8000 mal jährlich neu diagnostiziert, ist durch seine schnelle Zellteilung, Behandlungsresistenz und der Tendenz zu früher Metastasierung die aggressivste Lungenkrebsart.

Der interdisziplinäre Sonderforschungsbereich 1399 vereint Experten aus den verschiedensten Forschungsrichtungen: Biochemie; Signal- und struktureller Biologie; medizinischer Chemie, strukturgeleitete Pharmazie, Krebsimmunologie; modellierende rechnerbasierte Krebsgenomik; Molekulärpathologie und klinische Studien. Unsere Zielrichtung ist das Voranbringen des Verständnisses der molekularen Entwicklung der Krankheit, mit dem konkreten Ziel unsere neuen Erkenntnisse in klinische Anwendungsmöglichkeiten einzubringen, um die Überlebensrate von SCLC-Patienten zu verbessern.

Das ITCC im SFB 1399

Als Mitglied des Konsortiums ist das ITCC mit drei Schwerpunkten involviert: erstens durch gemeinsame Entwicklung und Betrieb einer automatisierten, sicheren Plattform für die sequenzierende Datenanalyse; zweitens durch Optimierungsunterstützung für Forschungsroutinen und digitalen Workflow; drittens durch Beiträge zur Erstellung einer Managementstrategie für Forschungsdaten des Projektes.

In enger Zusammenarbeit mit dem Department für Translationale Genomik hat das ITCC unter Nutzung des Metadatenmanagementsystems iRODS eine automatisierte, workflowbasierte Krebsgenomanalysepipeline (Abb. 1) entwickelt. Das System wurde für die spezifischen Bedarfe des SFB maßgeschneidert und liefert einen umfassenden Metadatenrahmen, der sowohl Eingaben als auch Ergebnisse beschreibt und so Anfragen und Analysen auch nach der Berechnung ermöglicht. Weiterhin hat das ITCC die kontinuierliche Verbesserung von Sequenzdatenanalysen auf der Basis von Nutzererfahrungen unterstützt. Durch die Nutzung von Performanzanalysetools konnten Schlüsselbereiche für die Performanzverbesserung identifiziert werden, bspw. die Optimierung der Speicherzugriffsmuster.

Seit der Einrichtung des SFBs haben sich neue Initiativen wie die Nationale Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) inkl. Des Deutschen Humangenom-Phenomarchives (GHGA) und lokale FDM-Supportstrukturen wie C³RDM gebildet. Das RRZK hat eine Bedarfsbeurteilung für FDM und die die Formulierung einer fokussierten Strategie für die Bedürfnisse des Konsortiums unterstützt.

Forscher des ITCC im SFB 1399:

Prof. Stefan Wesner

Bartlomiej Matuszkiewicz

Viktor Achter

In Zusammenarbeit mit:

Jasmin Schenk, Competence Center for Research Data Management (C3RDM)

Prof. Martin Peifer, Department of Translational Genomics